У природному середовищі існування джунгарські хом’яки розмножуються з березня по вересень, у неволі вони розмножуються цілий рік. У посліді може бути від 1 до 11 дитинчат. Статева зрілість настає з 4-6 тижнів, проте занадто рання вагітність може бути дуже небезпечною для самки.

Стан здоров’я самки В утробі малюки ростуть швидко, забираючи в матері всі сили. Якщо після пологів не підтримувати режим харчування породіллі, то організм зовсім виснажиться, і вона буде не в силах вигодувати дітей. У цьому випадку, інстинкт самозбереження візьме гору і хом’ячиха просто з’їсть весь послід.

Вагітність триває від 15 до 22 днів, у приплоді від 1 до 18 дитинчат, які досягають статевої зрілості вже на 6-8 тиждень. Тривалість життя в природі 1-2 роки, у неволі – близько 3 років.