У “Кінця Євангеліона” є дві відкинуті кінцівки, кінцівка A і кінцівка B.

Серійні Євангеліони розпинають Єву-01, керовану Шінджі, за допомогою своїх копій Списів Лонгінія; потім вони збираються навколо Єви-01 і істоти, породженої Рей і Ліліт. Рей-Ліліт ставить Шінджі перед вибором, і Шінджі, втративши все, що йому було дорого, вирішує вбити життя на Землі.

Протистояти Ангелам непросто, тому людство створює Євангеліони (Єви) – біороботів, якими керувати можуть лише особливі підлітки, яким вдається укласти з ними ментальний зв’язок. Оповідання ведеться від імені підлітка Шінджі Ікарі, який майже повністю втратив сенс життя. Він – розмазня.

Рей – несправжня людина, частково вона є клоном Юї Ікарі, вона ж мати Шінджі Ікарі. Цього клона створив Гендо Ікарі – чоловік Юї і за сумісництвом батько Шінджі. Гендо відчував важке горе через її смерть, однак, мабуть, дивом збереглися її останки, що дозволили відтворити схожу на нього людину.