Після невдалої дуелі з Дартом Сідіусом пішов у добровільне вигнання на планету Дагоба, де й помер природною смертю в 4 ПБЯ. Рідна планета і раса Йоди невідомі.
Наприкінці серії виявляється, що метою насправді було немовля безіменної раси, до якої належав магістр Йода. Її представники довго живуть і повільно старіють – тому ж Йоді на момент смерті було понад 900 років. Глядачі тут же прозвали нового персонажа малюком Йодою.
Замість цього Йода вважав за краще піти у вигнання, покаравши себе за те, що дозволив Ситхам перемогти, залишившись у живих, що дало йому змогу пізніше навчити Люка Скайвокера, який зміг здолати Імператора.
“Епізод VI: Повернення джедая” Йода каже Люку, що той завершив своє навчання, але повноцінним джедаєм нового покоління стане, коли “зустрінеться зі своїм батьком”, Дартом Вейдером. Потім Йода помирає у віці 900 років і, нарешті, повністю зливається із Силою.