Небезпека досить велика полягає в тому, що водень – один із найлегших газів, який у чистому вигляді без утримання просто полетить у верхні шари атмосфери. Тому його зв’язують у вигляді води або метану, і вже всередині двигуна вивільняють.

Реальна експлуатація показує, що кілометр шляху на автомобілі з водневим двигуном обходиться щонайменше на 50% дорожче, порівняно з бензиновим ДВЗ. Витрата водню в кілька разів менша, ніж бензину, але все перекриває його ціна. У цьому криється головна проблема водневої енергетики.

Дифузійний водень уповільнює зварювання і/або сприяє розтріскуванню зони термічного впливу. У поєднанні із залишковою напругою і схильною до розтріскування сталлю дифузійний водень може призвести до утворення тріщин через кілька годин або днів після зварювання.