Маринований перець халапеньо зберігається в закритих скляних і бляшаних банках, термін придатності – від 1 до 2 років.
Як і скільки зберігати Свіжий перець халапеньо зберігається тиждень у прохолодному місці в герметичній пластиковій або алюмінієвій тарі. Заморожений перець можна зберігати в морозилці до року.
Стиглі стручки сушать або коптять. Використовують для приготування різних соусів, свіжим додають у різні салати. Перець халапеньо також є прекрасним доповненням до м’яса, овочевих, рибних страв. У Європі частіше використовують перець у маринованому вигляді.
Почервонілі плоди вважаються менш якісними, ніж зелені, їх або закопують у землю, або висушують чи коптять. Червоні плоди використовують для приготування чіпотле. Під час обробки свіжих перців халапеньо можна отримати легке подразнення шкіри, тому збирачі врожаю й укладальники використовують рукавички.